اداره کل رایانه
اداره کل رایانه با دارا بودن حدود 400 ایستگاه کاری تحت شبکه، در راستای حمایت از فعالیت های علمی و بستر سازی امور پژوهشی، به ارائه خدمات می پردازد. از جمله فعالیتهای این مجموعه، تولید نرم افزارهای معارف قرآن و معجم موضوعی قرآن و همچنین طراحی سامانه های ورود و پردازش اطلاعات این نرم افزارها جهت سهولت کار پژوهشگران بوده است.
از دیگر فعالیتهای عمده این اداره پشتیبانی از سرورهای متعدد، میزبانی سایتهای اینترنتی موسسه، سامانه های اداری- پژوهشی-آموزشی، خدمات نرم افزارهای تحت شبکه، توسعه، نگهداری و پشتیبانی شبکه های محلی و ارائه خدمات اینترنت در بخش های مختلف ساختمان مرکزی و پردیسان مؤسسه می باشد.

اداره کل پایگاه ها
اداره کل پایگاه ها به منظور نشر علوم ديني، تسهيل در امور آموزشي و پژوهشي و كمـك به رونـد رشـد و توسعه اطلاع رساني مؤسسه تشكيل شد. اين اداره با تصويب طرح‌هاي اطلاع‌رساني، كارهاي مربوط به تحليل، طراحي، راه‌اندازي و آماده‌سازي كليه پايگاه‌هاي مؤسسه امام خميني(ره) را عهده‌دار است تا بدین ترتیب اطلاعات آموزشي، پژوهشـي و مديريتـي مؤسسه به‌گونه‌اي مطلوب در اختيار كليه كاربران قرار گيرد. برخي از فعاليت‌هاي اين اداره عبارتند از : تنظيم اهداف، سياست‌ها و راهبردهاي پايگاه‌هاي مؤسسه، پشتيباني فني از نياز‌هاي معاونت در جهت توليد محتوا و طراحي، پياده‌سازي و پشتيباني پايگاه‌هاي مورد نياز ساير معاونت‌ها در راستاي تحقق اهداف سند چشم انداز 5 ساله اداره کل پايگاه‌ها. این اداره تا کنون موفق به راه اندازی 68 سایت اطلاع رسانی خدماتی برای قسمت های مختلف مؤسسه شده است.

اداره کل رسانه
نظارت بر اجرا در اداره كل رسانه، كنترل و ارزيابي واحدهاي تحت سرپرستي، سياستگذاري كلان اداره كل رسانه، ارتباط با سطوح عالي معاونت‌ها و رياست، ارتباط با شبكه‌هاي داخلي و خارجي مختلف، شركت در سمينارهاي داخلي و خارجي و نمايشگاه هاي رسانه و به منظور آگاهي از پيشرفت هاي وسائل و پديده هاي تازه رسانه اي، برقراري ارتباط با گروه هاي پژوهشي و تحقيقاتي متبوعه و ساير مؤسسات بمنظور آگاهي از توانمندي هاي آنان در زمنيه ساخت برنامه هاي رسانه اي، گزارش فعاليت هاي لازم در زمينه هاي مختلف رسانه اي به مقام مافوق، پيگيري ارتباط جهت كميته طرح و برنامه فناوري اطلاعات

مدیریت  گسترش خدمات فناوری
برگزاري برنامه آموزشي زمان بندي شده باتوجه به امکانات موجود، بررسي نيازهاي اطلاعاتي دانش پژوهان، محققان و هيأت علمي، ارائه خدمات لازم جهت دسترسي کابران به اطلاعات مورد نظر و ارتباط با مراکز مرتبط با مؤسسه جهت تبادل اطلاعات و دريافت نرم افزارهاي جديد، برخي از فعاليت ها و وظايف اين مديريت است.


دفتر تحقیقات و مطالعات
با توجه به نياز مبرم مؤسسه در خصوص به روزبودن در زمينههاي مختلف فناوري اطلاعات و استخراج و کسب نيازمندي هاي بخشهاي مختلف مؤسسه در خصوص فناورياطلاعات و هم چنين تجزيه وتحليل کمي و کيفي طرحهاي اجرائي فناورياطلاعات، دفتر مطالعات و تحقيقات فناوري اطلاعات تأسيس شده است.