اداره کل پایگاه ها به منظور نشر علوم ديني، تسهيل در امور آموزشي و پژوهشي و كمـك به رونـد رشـد و توسعه اطلاع رساني مؤسسه تشكيل شد. اين اداره با تصويب طرح‌هاي اطلاع‌رساني، كارهاي مربوط به تحليل، طراحي، راه‌اندازي و آماده‌سازي كليه پايگاه‌هاي مؤسسه امام خميني(ره) را عهده‌دار است تا بدین ترتیب اطلاعات آموزشي، پژوهشـي و مديريتـي مؤسسه به‌گونه‌اي مطلوب در اختيار كليه كاربران قرار گيرد. برخي از فعاليت‌هاي اين اداره عبارتند از : تنظيم اهداف، سياست‌ها و راهبردهاي پايگاه‌هاي مؤسسه، پشتيباني فني از نياز‌هاي معاونت در جهت توليد محتوا و طراحي، پياده‌سازي و پشتيباني پايگاه‌هاي مورد نياز ساير معاونت‌ها در راستاي تحقق اهداف سند چشم انداز 5 ساله اداره کل پايگاه‌ها. این اداره تا کنون موفق به راه اندازی 68 سایت اطلاع رسانی خدماتی برای قسمت های مختلف مؤسسه شده است .

سرپرستي اداره کل پايگاه هاي اينترنتي موسسه آموزشي و پژوهشي امام خميني(ره) برعهده جناب آقاي محمد خاكدامن مي باشد.